在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。
这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。
另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。
随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。
随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
村瀬步,石川界人,日野聪,细谷佳正,齐藤壮马,内山昂辉,入野自由,林勇,冈本信彦,名冢佳织,诸星堇,神谷浩史,田中一成,竹内良太,丹沢晃之,木村昴,土屋神叶,丰永利行,大森大树,福田贤二,寺岛拓笃
竹内顺子,杉山纪彰,中村千绘,井上和彦,关俊彦,松本和香子,大塚芳忠,胜生真沙子,柴田秀胜,森久保祥太郎,伊藤健太郎,柚木凉香,小杉十郎太,增川洋一,远近孝一,田村由香里,江原正士,水树奈奈,鸟海浩辅,川田绅司,落合露美,大谷育江,重松朋,下屋则子,飞田展男,石冢运升,浅野真由美,石田彰,加濑康之,朴璐美,中田让治,保志总一朗,神奈延年,三木真一郎,中村大树,家中宏,福田信昭,楠大典,本田贵子,平
中村悠一,樱井孝宏,远藤绫,永濑安娜,子安武人
内详
柿原彻也 / 平野绫 / 中村悠一 / 大原沙耶香 / 钉宫理惠 / 堀江由衣
下野纮，田口宏子，阪田佳代，猪口有佳
矢岛晶子 / 小林由美子 / 楢桥美纪 / 藤原启治 / 森川智之
藤原夏海,坂泰斗,佳穂成美,冈咲美保,花泽香菜,东地宏树
花江夏树,真野步,大塚芳忠,水濑祈,仓持若菜,神谷浩史,内田雄马,日笠阳子,甲斐田裕子
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长绳麻理亚,种崎敦美
内详
关智一,浪川大辅,野中蓝,目黑光祐,滨田贤二,真殿光昭,仙台惠理,大塚芳忠
三木真一郎,能登麻美子,三上枝织,东山奈央