柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
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内详
杉田智和 / 阪口大助 / 钉宫理惠 / 中井和哉 / 铃村健一 / 小林优 / 雪野五月 / 太田哲治 / 石田彰 / 高松信司 / 子安武人 / 山崎巧 / 清水理沙 / 茶风林
村瀬步,石川界人,日野聪,入野自由,林勇,细谷佳正,内山昂辉,齐藤壮马,名冢佳织,神谷浩史,江川央生,中村悠一,梶裕贵,竹内良太,增田俊树,诸星堇,木村良平,逢坂良太,西山宏太朗,古川慎,田丸笃志,木村昴,土屋神叶,寺岛拓笃,中尾隆圣,兴津和幸,花江夏树,宫野真守,鸟海浩辅,上村祐翔
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中村悠一,樱井孝宏,远藤绫,永濑安娜,子安武人
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下野纮，田口宏子，阪田佳代，猪口有佳
田丸笃志,森川智之,种崎敦美,小原好美,八代拓,鸟海浩辅,浅沼晋太郎,本渡枫,增田俊树,兴津和幸
小市真琴,菲鲁兹·蓝
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